為了救神谷薰（武井咲 飾），緋村劍心（佐藤健 飾）縱身躍入大海，昏迷中他飄到某座小島，最終為傳授了他飛天御劍流的師父比古清十郎（福山雅治 飾）所救。深感到自身與志志雄真實（藤原龍也 飾）的巨大差距，為了拯救全日本，劍心懇請師傅傳授他飛天御劍流的最高奧義。與此同時，志志雄劍指東京，邁出武力奪國的下一步。他強迫伊藤博文（小澤征悅 飾）對劊子手拔刀齋發布全國通緝令，得知消息的薰、左之助（青木崇高 飾）則匆匆向東京趕去。再度上路的劍心率先遭到御庭番眾的首領四乃森蒼紫（伊勢谷友介 飾）的阻擊，他一路披荊斬棘，將迎來與宿命的對手志志雄最終的對決……